Христианство на территории Апулии стало распространяться в IV-V веках. После войны греков и готов (535-553 годов) до X века ее земли стали частью Византийской империи. В византийской Апулии основывались греческие монастыри, которые укрепляли православную веру.
С 975 года административным центром Апульи является город Бари.